El Colegio de Fonoaudiólogos de Chile tiene una estructura unitaria, no obstante cuenta con 9 Filiales Regionales, las cuales han sido creadas para una mejor consecución de los principios y metas del Colegio.
Los miembros del Consejo Regional tendrán en su jurisdicción las mismas atribuciones que el Directorio Nacional, debiendo para todo ajustarse a las directrices e instrucciones emanadas desde el Directorio Nacional al cual se encuentran subordinados los Consejeros Regionales
En su orgánica están compuestas por un mínimo de 3 Consejeros Regionales que ejercerán los cargos de Presidente, Secretario y Tesorero. El Colegio de Fonoaudiólogos cuenta con 9 filiales en las regiones de Tarapacá, Antofagasta, Valparaíso, Maule, Ñuble, Bio Bio, Araucanía, Los Ríos y Los Lagos.